La cubierta que domina la maqsura presenta indudablemente uno de los elementos más interesantes desde el punto de vista arquitectónico y decorativo de la Mezquita de Córdoba. Inscribiéndose dentro de un esquema octogonal de 6 metros de diámetro, ocho arcos de finas nervaduras salientes se entrecruzan para sostener una cúpula de gajos. Estos arcos obedecen a un trazado en el que se encuentra el principio de dos cuadrados entrelazados, puestos en ángulo de 45º el uno respecto al otro, el mismo trazado de la Cúpula de la Roca, en Jerusalén. Observaremos, además, que dan origen a un sistema de abovedado que anuncia ya los arcos ojivales que revolucionarán la arquitectura en la época gótica.
Toda esta cubierta compleja, sabiamente construida, está revestida de magníficos mosaicos con fondo de oro, que son, lo mismo que la decoración de teselas que rodea el mihrab, obra de artistas bizantinos. Como en la Cúpula de la Roca y en la Gran Mezquita de los Omeyas, unos artesanos venidos de Constantinopla llevaron a cabo la decoración de Córdoba. El califa al-Hakam II había recibido del basileus Nicéforo Focas (963-969) unos equipos de mosaiquistas encargados de llevar a cabo los adornos de oro que rodean el «Sancta sanctórum» de su mezquita.
El arte de estos artesanos cristianos es por otra parte más abstracto —y se distingue así de los paisajes que adornan el patio de la Gran Mezquita de Damasco— ya que Constantinopla había atravesado dos crisis iconoclastas (730-787 y 815-843). Parece ser que, sensibles a las críticas hechas por los musulmanes que lamentaban el olvido por parte de los cristianos del segundo Mandamiento del Decálogo, ciertos teólogos bizantinos habían favorecido la difusión de los principios iconoclastas.
Sea como fuere, en la Córdoba del siglo X, lo mismo que en Oriente Próximo, la situación política y los acontecimientos militares no vienen a perturbar una forma de cooperación artística eficaz entre los califas omeyas y el poder imperial bizantino. Éste es un punto que merece ser subrayado, porque es revelador de una relación espiritual existente entre las dos comunidades religiosas. Estamos lejos del fanatismo que conocerán, posteriormente, las relaciones entre musulmanes y cristianos, tanto en la época de las cruzadas en Oriente Próximo como al final de la reconquista en España.