Al entrar en el Monasterio puede admirarse su portada abocinada por trece arquivoltas y columnas lisas; es una portada original de estilo románico bizantino, muy austera y sin ninguna decoración. Estas se abren como para dar la bienvenida al peregrino, acogiéndolo en el espacio sagrado donde la belleza es el lenguaje de la Fe.
El Monasterio está construido en piedra arenisca, muy fácilmente erosionable. El deterioro de la piedra es visible en todo el conjunto, particularmente en esta portada, salvo en las zonas que han sido restauradas.
En el arcosolio que se encuentra a su derecha estaba situado el sarcófago del caballero de Lizana, compañero de armas del rey don Pedro II, el cual, al no ser de sangre real, no pudo ser enterrado en el Panteón junto al rey.
La iglesia de planta de cruz latina está orientada hacia el Este, de donde surge la luz del Oriente que es Cristo. Tiene una sola nave que en sus orígenes contaba con tres ábsides (el ábside del Evangelio fue destruido en el siglo XVIII para acondicionar ese espacio como Panteón de estilo neoclásico de las religiosas Sanjuanistas).
En el transepto, en el lado del Evangelio, destaca el Panteón Real en el que descansaron, antes de ser profanados durante la Guerra Civil de 1936, los restos mortales de doña Sancha, la fundadora, de don Pedro II el Católico, muerto en la batalla de Muret en el transcurso de la cruzada albigense, y de las infantas Dulce y Leonor, todos ellos hijos de doña Sancha. Los sarcófagos son de piedra, sencillos y modestos, de una sola pieza.
En el ábside central, elevado sobre grada, se ubica el altar mayor. Primitivamente estaba decorado con una profusión de pinturas murales evangélicas, verdadera teología en líneas y colores, al igual que el resto de la Iglesia. Las pinturas del ábside permanecieron ocultas a partir del siglo XIV por sucesivos retablos hasta la guerra del 36.
En el transepto, en el lado de la epístola, se halla una bellísima ventana de alabastro traslúcido de estilo románico bizantino.
Al desplazarnos por la nave hacia occidente se aprecia un apuntamiento de los acrucrcos correspondiente al románico de transición. Llegamos así al lugar donde estaba el coro de las monjas Sanjuanistas, que ocupaba las dos terceras partes de la nave, separado por una puerta de lo que era el refectorio, en el cual continúan los mismos arcos apuntados. Actualmente es la capilla donde la comunidad celebra el oficio litúrgico cada día.
Al norte del templo se encuentra la torre de señales, en cuya terminación a modo de azotea se encendían grandes hogueras para avisar de algún peligro o con motivo de la elección de las prioras.
Aunque hoy no queden más que ruinas, habría que nombrar el destacado Palacio Prioral o Palacio de la Reina, construido bajo el priorato de doña Blanca, cuyo recinto más importante a nivel pictórico fue la denominada sala pintada, donde venían los vasallos de los pueblos feudatarios.
El claustro, ubicado al Norte de la Iglesia y no al Sur como de costumbre, inspira recogimiento y meditación. Cada fachada del claustro tenía catorce arcadas por ala. En las construcciones de la Edad Media el número 14 simbolizaba el nombre de David, el Rey según el Corazón de Dios. Estos catorce arcos de medio punto descansaban en columnas y capiteles lisos sin molduras ni dibujos; hoy solo se conserva el ala Sur y media ala Este. El claustro albergaba varias capillas.
Otras dependencias se encontraban alrededor del claustro: refectorio, locutorio, noviciado, enfermería, dormitorio, etc. Cabe destacar las dos grandes naves de los dormitorios, restauradas parcialmente en 2006 por la Diputación General de Aragón. En la nave norte dormían las medias cruces (monjas donadas al servicio de la Comunidad) y en la nave noreste, las cruces enteras o dueñas. Muy pronto se construyeron pisos superiores para huir de la humedad de este lugar. Del ángulo de confluencia de estas dos naves parten cinco arcos fajones, apoyados en un solo punto, que forman una bella y grandiosa palmera.
A la Sala Capitular se accede desde el claustro a través de dos arcos románicos. Aquí se reunía cada día la comunidad de monjas en Capítulo. La Iglesia de Sijena y la Sala Capitular pertenecen a la primera etapa de construcción (1196), ya que están levantadas en su totalidad por el mismo tipo de piedra de sillar. Conocemos el esplendor y belleza de esta sala por unas fotografías que se realizaron justo antes del incendio de 1936. En su origen los espacios pintados alcanzaban toda la estancia, que es de forma rectangular con cinco arcos apuntados que se separan nítidamente en sus veinte enjutas, con el mismo número de episodios del Antiguo Testamento. La Genealogía de Cristo, importante nudo del conjunto, estaba en los intradoses de los arcos, acogiendo cada uno catorce representaciones, lo que hace un total de setenta.
En los muros perimetrales de la sala se situaban once escenas del Nuevo Testamento relativas a la vida de Jesucristo.
La techumbre mudéjar policromada de gran belleza aumentaba aún más el esplendor de esta sala. Lamentablemente se perdió en el incendio. En 1990 la Sala Capitular fue restaurada por la Diputación General de Aragón bajo la dirección del arquitecto don Emilio Rivas. En 2016 se retoman las obras de restauración a cargo de los arquitectos don Mariano Pemán y don Luís Franco.